Testování vzorků na přítomnost SARS-CoV-2 na naší fakultě právě odstartovalo!

Publikováno: 20.04.2020

ROZHOVOR - V rámci bouřlivého celorepublikového a celosvětového dění ohledně situace kolem šíření koronaviru se akademičtí pracovníci a studenti Fakulty chemicko-technologické Univerzity Pardubice rozhodli pomoci při testování vzorků indikovaných pacientů na COVID-19. Do realizace se zapojili pod koordinací prof. Romana Kanďára, společně ve spolupráci s Pardubickou nemocnicí. V uplynulých týdnech pečlivě celou akci plánovali, připravovali a nyní zahájili svou pomoc tolik vytíženému zdravotnickému personálu. Položili jsme proto několik otázek hlavnímu koordinátorovi realizačního týmu prof. Mgr. Romanu Kanďárovi, Ph.D., vedoucímu Katedry biologických a biochemických věd, kde bude testování po celu dobu probíhat a garantovi laboratoří molekulární biologie Mgr. Barboře Jankovičové, Ph.D., která bude celou akci koordinovat z odborného hlediska.

Jak vlastně vznikl nápad pomoci s testováním biologických vzorků, který nyní realizujete?'
Prof. KANĎÁR:
„Myšlenka pomoci tímto způsobem vzešla od vedení nemocnice, které oslovilo vedení naší fakulty. Generální ředitel Nemocnice Pardubického kraje MUDr. Tomáš Gottvald, MHA se na naši instituci obrátil s žádostí o pomoc při testování vzorků na SARS-CoV-2. Proto jsem se spojil s Mgr. Barborou Jankovičovou, Ph.D., která je garantem laboratoří molekulární biologie na naší katedře. V počátečních fázích přípravy jsme zjišťovali naše reálné možnosti z různých hledisek (specializace laboratoří, vybavení, metodiku analyzování nebo proškolení personálu) a začali co nejdříve s přípravou na analyzování vzorků.“

Kdo se do analyzování vzorků zapojí? Spolupracujete ještě s jinými pracovišti?
'Mgr. JANKOVIČOVÁ:
„V současné chvíli je náš tým na katedře složen ze tří akademických pracovníků, dvou studentů doktorského studia a tří laboratorních pracovníků. Naše postupy samozřejmě odborně konzultujeme i s odborníky z jiných pracovišť pravidelnými videokonferencemi.“

Kde testování vzorků probíhá? Jak je pro tyto účely vybavená specializovaná laboratoř?
Prof. KANĎÁR:
„Testování vzorků na přítomnost SARS-CoV-2 bude probíhat ve speciální laboratoři na úrovni vyššího stupně biologického zabezpečení, tzv. BSL-3, která umožňuje pracovat s vysoce rizikovými viry a patogeny. Tyto laboratoře jsou vhodně vybavené a opatřené technickými prostředky zamezující úniku infekce volně do prostředí a to tak, že v izolovaném prostoru je udržován neustálý podtlak. Analyzované vzorky jsou nejprve vkládány přes tzv. materiálovou propust, pracovníci vstupují přes tzv. personální propust, kde se převléknou do laboratorního oblečení a nasadí si ochranné pomůcky, které nám poskytne nemocnice. Po skončení testování si laboratorní oblečení pracovníci svléknou, osprchují se a obléknou oblečení, ve kterém do personální propusti přišli. Veškeré ochranné pomůcky na jedno použití a také biologický materiál jsou pečlivě dekontaminovány v prokládacím autoklávu. Voda z umyvadel, výlevek a sprch odtéká do tzv. dekontaminační stanice, která se skládá ze sběrné jímky a dekontaminační nádrže. Po naplnění sběrné jímky je voda přečerpána do dekontaminační nádrže, do které je nadávkován desinfekční roztok a zde následně probíhá 24hodinová dekontaminace, poté teprve voda odtéká do neutralizační stanice FChT.“

Jak probíhá koordinace transportu? A jak vlastně takový transport krok po kroku probíhá?
Prof. KANĎÁR:
„Biologické vzorky jsou transportovány v bezpečnostním trojobalu. Laboratorní pracovník vloží vzorky do laboratoře BSL-3 přes tzv. materiálovou propust. V této laboratoři jsou vzorky vybaleny v tzv. laminárním flow-boxu.“

Kolik vzorků denně budete schopni otestovat?
Mgr. JANKOVIČOVÁ:
„Zde jsme bohužel limitováni přístrojovým vybavením. Nemáme velkokapacitní automatická zařízení, např. izolaci RNA budeme dělat manuálně, takže by se řádově mělo jednat o desítky vzorků, zhruba 50-100 denně, podle potřeby a aktuálních možností. Přestože by se toto množství mohlo zdát malé, je výpomoc i v takovémto rozsahu v momentální situaci vítána.

Jakou metodou testování probíhá?
Mgr. JANKOVIČOVÁ:
„Budeme provádět přímé stanovení RNA viru. Nukleová kyselina viru bude nejprve izolována, poté bude převedena tzv. reverzní transkripcí na DNA, jejíž vybrané specifické úseky budou namnoženy a detekovány metodou kvantitativní polymerázové řetězové reakce v reálném čase (Real-time PCR).“

Jak dlouho odhadujete, že budete schopni přispívat touto pomocí nemocnici?
Mgr. JANKOVIČOVÁ:
„Budeme se samozřejmě snažit testovat, co nejdéle to bude možné. Předpokládáme, že nyní se blížíme vrcholu co do počtu vzorků. Odhadem v květnu, možná červnu by se počty testovaných vzorků mohly stabilizovat a snad by mohly i pomalu začít klesat. Uvidíme, kdy a v jakém rozsahu bude obnovena výuka na vysokých školách, kterou pak bude potřeba s testováním efektivně skloubit. Další faktor, který může situaci ovlivnit, je samozřejmě dostupnost diagnostických souprav na trhu.“

Pokud se Vaše pomoc osvědčí, budete uvažovat o možné analýze vzorků i do budoucna?
Prof. KANĎÁR:
„Samozřejmě, že o této pomoci uvažujeme a budeme jednoznačně podporovat její návaznost na další testování. Určitě je to pro nás velká zkušenost, kterou v budoucnu budeme moci využít i při dalších analýzách obdobného typu. Pomoc nemocnici odstartovala na našem pracovišti další možnosti rozšíření a modernizování laboratoří molekulární biologie na naší katedře, což vítáme. Tuto aktivitu vnímáme jako nesmírně důležitou výpomoc, která může umožnit nemocnici včasný záchyt pacientů a tím efektivně zamezit nadměrnému šíření infekce.“

K TÉMATU: Univerzita analyzuje vzorky na koronavirus SARS-CoV-2, podává grant na další přístroje (tisková zpráva k testování)

prof. Mgr. Roman Kanďár, Ph.D. (*1968)

vystudoval magisterský obor „Analýza biologických materiálů“ na Fakultě chemicko-technologické Univerzity Pardubice, dále doktorský studijní program „Patobiochemie a xenobiochemie“ na Farmaceutické fakultě Univerzity Karlovy v Hradci Králové, habilitoval se v oboru „Biochemie“ tamtéž a byl jmenován profesorem v oboru „Analytická chemie“ na FChT, UPa

od roku 2019 působí jako vedoucí Katedry biologických a biochemických věd

ve své vědecké práci se věnuje především analýze biologických vzorků separačními technikami se zaměřením na metabolomiku

absolvoval několik odborných vědeckých stáží na Univerzitě Tübingen v Německu

vede celou řadu odborných prací, dotýkajících se tématiky metabolomiky a oxidačního stresu

Mgr. Barbora Jankovičová, Ph.D. (*1981)

vystudovala magisterský obor „Analýza biologických materiálů“ na Fakultě chemicko-technologické Univerzity Pardubice, dále doktorský studijní program „Analytická chemie“ na FChT, UPa

od roku 2007 působila na katedře FChT jako vědecko-výzkumný pracovník, od ledna 2020 pak jako odborný asistent

ve své vědecké práci se věnuje především molekulární biologii a proteomice se zaměřením na nukleové kyseliny a proteiny s klinickým potenciálem

absolvovala několik zahraničních stáží (Institut Curie v Paříži, Indiana University v Bloomingtonu, KTH Royal Institute of Technology ve Stockholmu, Virologický ústav SAV v Bratislavě)

byla zapojena do řešení několika národních tak i mezinárodních projektů (FP6 - NeuroTAS, FP7 - NaDiNe)

vedla celou řadu bakalářských a diplomových prací, dotýkajících se především tématiky klinicky významných biomarkerů se zaměřením na jejich identifikaci, charakterizaci, způsoby izolace či detekce