Chod a život univerzity se řídí platnými zákony, zejména zákonem č. 111/1998 Sb., o vysokých školách, a o změně a doplnění dalších zákonů, Statutem UPCE a dalšími vnitřními předpisy UPCE.
Základní organizaci, vnitřní uspořádání univerzity a zásady řízení upravuje Organizační struktura a Organizační řád UPCE.
