Vedle vzdělávání je pro univerzitu charakteristická bohatá vědecká a výzkumná činnost, jíž si univerzita a její fakulty získaly respekt u domácí i mezinárodní vědecké obce.

Je uskutečňována v rozsahu od činností badatelských v základním výzkumu až po aplikovaný výzkum ve vazbě na potřeby praxe. V oblastech základní dlouhodobé orientace se jedná zejména o řešení výzkumných záměrů, činnost výzkumných center, řešení projektů v rámci grantových soutěží a agentur, národních a mezinárodních.

Partnery při řešení projektů jsou podniky a společnosti zabývající se aplikací dosažených poznatků v praxi a vědeckovýzkumná pracoviště jiných institucí, případně společně vytvořená pracoviště ve spolupráci s dalšími subjekty.

Do vědecké práce jsou tradičně zapojováni studenti doktorských programů.

Jedním z měřitelných výsledků vědecké a výzkumné práce akademických pracovníků univerzity jsou významné publikace v impaktovaných zahraničních i domácích odborných časopisech. Univerzita Pardubice zaujímá dlouhodobě přední místo mezi českými vysokoškolskými vzdělávacími institucemi, které jsou na základě ohlasů publikací autorů uvedeny v renomované databázi Essential Science Indicators ISI Web of Science.

Oceněním mimořádného podílu na rozvoji vědeckého poznání se staly v novodobé historii Univerzity Pardubice rektorem udělené tituly „doctor honoris causa“ význačným odborníkům a světově uznávaným vědcům.